Legendarului Garrett Brown nu-i vine să creadă când se trezeşte în altă lume decât alui, el ajunge într-o lume distrusă de 300 ani în viitor. Memoria lui este lent întoarsa datorită unui lichid albastru furnizat de clone umane care au supravieţuit holocaustului nuclear. Brown îşi aminteşte trecutul lui ca făcând parte dintr-o agenție a guvernului Statelor Unite, îşi mai aminteşte şi că el era responsabil cu o anchetă în care trebuia să identifice viitoare atacuri teroriste, el indentifică câteva atentate teroriste conduse de către reverendul Jeremiah C.Hope, planul lui era de a prelua planeta. Când Garrett ajunge la finalul anchetei el moară pentru a ne proteja pe noi, însă el este îngropat şi bine ascuns de agenţie pentru a învia din nou mai târziu în viitor, Garrett reuşeşte să revină înapoi pe pământ pentru a răsturna Piak, un cuceritor străin, în final el devine Prototype singura speranţă pentru omenire dar şi singurul om în de-ajuns de puternic pentru ai face faţă lui Piak.